1924年，新疆大学的前身——新疆俄文法政专门学校创立，拉开了新疆高等教育的序幕。
1935年，学校改建为新疆学院。抗日战争期间，一批共产党人和文学家进步人士来校任教，提出了“以民族为形式，以马列为内容”的教育思想，掀起了轰轰烈烈的抗日救国宣传活动，学校被誉为“抗大第二”。
1950年，新疆省人民政府将原省语文学院并入新疆学院，并将新疆学院更名为新疆民族学院。1954年，将新疆民族学院复名为新疆学院。
1955年，高等教育部部长杨秀峰到新疆学院视察工作时，指示以新疆学院为基础筹建新疆大学。1959年5月，高等教育部决定由北京大学、清华大学、西北大学等院校支援新疆大学的成立工作。1960年，新疆大学正式成立，学校跨入了新的发展时期。
1978年，学校被国务院确定为全国第一批88所重点高等院校之一，16所综合性重点大学之一。1997年，学校被列入国家首批“211工程”重点建设高校。
2000年，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。原新疆工学院的前身是1953年中苏共同创办的中苏有色金属公司矿山技术学校，1954年，苏联将学校股份移交我国，学校改为自办，更名为乌鲁木齐矿业学校。1958年建成新疆矿冶学院，隶属冶金工业部，1966年更名为新疆工学院。
2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。2012年，学校被列为国家“中西部高校综合实力提升工程”建设高校。
2017年，进入全国首批42所一流大学建设高校行列。2018年，确定为教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”高校。
新疆大学现有25个学院，1个研究生院，2个教学研究部，36个党政机关及教辅单位。现有各类在读学生35764人，其中普通本科生21707人，硕士研究生9098人，博士研究生704人，在职攻读硕士学位学生105人，留学生193人，成人本专科生4062人。学校现有专任教师1865人，其中具有高级职称专任教师905人，具有博士学位教师771人。现有中国工程院院士1名，教育部“长江学者”特聘教授3名，百千万人才工程3人，“万人计划”3人,国家有突出贡献中青年专家5人，享受政府特殊津贴专家36人，“全国高校黄大年式教师团队”1个，教育部“新世纪优秀人才支持计划”9人，中宣部文化名家暨四个一批（宣传思想文化青年英才）1人，自治区突出贡献优秀专家13人，自治区天山英才35人，自治区文化名家暨“四个一批”人才和文化产业领军人才6人，自治区“国家高层次人才特殊支持计划”9人，自治区级教学名师20人、教学能手14人。
学校分校本部、南校区、北校区三个校区，共占地290.9万平方米（约4363亩）。2019年，新疆大学新校区项目获批建设，该项目位于乌鲁木齐市水磨沟区河马泉新区，规划用地约247万平方米（3711亩），规划总建设面积125万平方米。
新疆大学校训：团结 紧张 质朴 活泼
1938年，新疆学院教务长林基路以延安“抗大”为榜样，提出了“团结、紧张、质朴、活泼” 八字校训。（来源新疆大学）
